پس از احداث اولين سدها در كشور تصور مي شد كه با ساختن اين سدهاافزايش قابل توجهي در توليدات كشاورزي ايجاد خواهد شد، در پارهاي از پروژهها نتيجه تا حدي رضايت بخش بود ولي در بعضي ديگر علاوه بر اينكه تحول چشمگيري در وضع زندگي زارعين و درآمد آنها ايجاد نشد در نتيجه عدم تناسب خاك براي كشاورزي، وجود پارهاي از مشكلات در خاك ، مسائل بزرگي مانند بالا آمدن آب زيرزميني، باطلاقي شدن اراضي زير كشت و شوري خاك بروز گرديد. از اين رو دولت ايران از سازمان خوار و بار كشاورزي جهاني سازمان ملل متحد( فائو) تقاضاي اعزام كارشناس براي بررسي علت بروز مشكلات بعد از آبياري نمود كارشناسان پس از بررسيهاي لازم در منطقه مورد نظر توصيه نمودند كه مطالعات خاكشناسي بمنظور تعيين علت اصلي و از بين بردن عوامل نامطلوب در پروژههاي گذشته ضروري ميباشد. بدين منظور در سال 1331 بنگاه مستقل آبياري وابسته به وزارت كشاورزي اقدام به ايجاد گروههاي خاكشناسي نمود. اولين گروه خاكشناسي در زمستان سال 1331 تشكيل و بعد از شركت در كلاسهاي آموزش خاكشناسي، اولين پروژه را در منطقه كرخه واقع در خوزستان انجام دادهاند.
تدريجاً كه فعاليت گروههاي خاكشناسي توسعه پيدا كرد، علاوه بر شناسايي خاك ،
مسائل ديگري از قبيل زهكشي نيز مورد مطالعه گروه مزبور قرار گرفت. در سال 1334
ساختمان آزمايشگاه خاكشناسي در محل مؤسسه تحقيقات خاك و آب تهران افتتاح و شروع
به فعاليت نمود. با توسعه فعاليت، در سال 1340 گروه مزبور به مؤسسه خاكشناسي
تبديل و به فعاليت خود ادامه داد. در سال 1343وقتي كه بنگاه مستقل آبياري از
وزارت كشاورزي جدا و به وزارت آب و برق پيوست، مؤسسه خاكشناسي در وزارت كشاورزي
باقي ماند. به موازات فعاليتهاي فوق در سال 1336 بهمنظور توسعه و ترويج
استفاده از كودهاي شيميايي در كشاورزي، طرح حاصلخيزي خاك در خوزستان فعاليت خود
را آعاز نمود كه ظرف چند سال مطالعه نتايج جالب توجهي بدست آورد و استفاده از
كود شيميايي ، مطالعه و تحقيق در حاصلخيزي خاك بدين شكل پايه گذاري شد.
در سال 1339 با استفاده از تجربيات حاصل از طرح جامع حاصلخيزي خاك بوسيله
كارشناسان ايراني و با كمك سازمان خوار و بار جهاني كشاورزي تهيه و كار تحقيق
در مسئله حاصلخيزي خاك با اجراي آزمايشهايي با تشكيل سازماني بنام اداره كل
حاصلخيزي خاك وزارت كشاورزي در سراسر كشور آغاز گرديد كه اداره حاصلخيزي خاك
استان اصفهان نيز زير مجموعه آن اداره كل بود. با ادغام اداره كل حاصلخيزي خاك
و مؤسسه خاكشناسي در سال 1345، مؤسسه خاكشناسي و حاصلخيز خاك تأسيس و امر
مطالعه، طبقه بندي خاكها و تعيين استعداد اراضي و در واقع تعيين شناسنامه براي
خاكهاي كشور توأم با مطالعه و تحقيق در حاصلخيزي اين خاكها را به عهده گرفت.
زماني كه سازمان تحقيقات كشاورزي و منابع طبيعي در سال 1353 با هدف تمركز و
توسعه فعاليتهاي تحقيقاتي وزارت كشاورزي و هماهنگ كردن اين فعاليتها با پيشرفتهترين
برنامههاي تحقيقاتي جهاني در وزارت كشاورزي تشكيل گرديد، مؤسسه خاكشناسي و
حاصلخيزي خاك بههمراه كليه مؤسسات و مراكز تحقيقاتي وزارت كشاورزي تابع آن
گرديد. سپس با رسميت يافتن تشكيلات سازمان تحقيقات كشاوزري و منابع طبيعي،
اداره خاكشناسي و حاصلخيزي خاك اصفهان نيز با تغييراتي كه در تشيكلات و وظايف
در مؤسسه مادر داده شد، در سال 1357 با عنوان بخش تحقيقات خاك و آب و با گروههاي
مختلف تحقيقاتي در زير مجموعة مركز تحقيقات كشاورزي اصفهان به فعاليت پرداخت.
در حال حاضر تعداد 20 نفر كادر پژوهشي به عنوان عضو هيأت علمي و كارشناس ارشد
محقق در بخش تحقيقات خاك و آب مركز تحقيقات كشاورزي و منابع طبيعي استان اصفهان
فعاليت مي كنند. مهمترين اهداف و وظايف اين بخش شناسايي و طبقه بندي خاكها و
تعيين تناسب آنها با محصولات مختلف، ساماندهي خاكها به روش GIS ، تعيين نيازهاي
غذايي گياهان و حفظ تعادل عناصر درخاك از طريق آزمون خاك ، انجام تحقيقات مربوط
به اصلاح اراضي، بررسي و ارائه راهكارهاي استفاده از آبهاي نامتعارف و تعيين
نياز آبي گياهان است. به اين منظور گروههاي ارزيابي خاك و طبقه بندي اراضي ،
آبياري و فيزيك خاك ، اصلاح و مديريت پايدار اراضي ، شيمي و حاصلخيزي خاك و
تغذيه گياهي و آزمايشگاه خاك، آب و گياه در بخش فعاليت مي كنند. تهيه نقشه
منابع و استعداد خاكهاي كشور در استانهاي اصفهان ، چهار محال و بختياري ، يزد ،
كرمان ، مركزي و خوزستان از دستاوردهاي مطالعاتي بخش تحقيقات خاك و آب به شمار
مي رود.
ايستگاههاي تحقيقاتي رودشت ، كبوترآباد، گلپايگان ، فريدن و همچنين مزارع
كشاورزان در زمينه خاك ، آب و گياه در سطح استان گستره تحقيقات بخش خاك و آب را
تشكيل ميدهد.
آزمايشگاه اين بخش مجهز به دستگاههاي نسبتاً پيشرفته از جمله دستگاه جذب اتميك
است كه قادر به اندازهگيري عناصر ريز مغذي در حد ميليگرم در كيلوگرم ميباشدز
ديگر فعاليت هاي بخش تاسيس و اداره ايستگاه تحقيقات شوري ، زهكشي و اصلاح اراضي
رودشت است. اين ايستگاه در سال 1360 به وسعت 155 هكتار در منطقه رودشت واقع در
65 كيلومتري شرق اصفهان تأسيس و مشغول فعاليت گرديد و تاكنون به نتايج كاربردي
ارزشمندي دست يافته كه به دستگاه اجرايي و كاربران منتقل شده و شكل عملي به خود
گرفته است. تعيين عمق وفاصله مناسب زهكشها بصورت تحقيقاتي و استفاده از نتايج
بدست آمده در پروژه زهكشي در سطح منطقه رودشت و مناطق مشابه ، انجام تحقيقات
مربوط به نحوة آبشويي و ترسيم منحنيهاي آبشويي به منظور اصلاح اراضي شور و شور-
سديمي ، راهكاري مديريتي استفاده از آبهاي شور در عرصه كشاورزي وتوليد پايدار ،
انجام تحقيقات مربوط به تعيين مقاومت و يا ميزان تحمل گياهان به شوري و خشكي ،
معرفي ارقام مقاوم به شوري و خشكي ، تعيين نياز آبي گياهان در شرايط محدوديت و
تعيين نياز غذايي گياهان در شرايط شور گوشه اي از اين دستاوردها است.